La necessità di raggiungere, in fase di attuazione, temperature dell'ordine di un centinaio di gradi centigradi, rendeva insufficiente l'utilizzo di un solo modulo termoelettrico in grado di assicurare in condizioni ottimali di funzionamento una variazione termica di 
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Basandosi su studi preliminari già svolti presso il laboratorio VLSI del Politecnico di Torino si è completata la realizzazione del circuito per il trattamento del segnale del sensore di temperatura e quello per il pilotaggio della cascata dei due moduli termoelettrici.
Un secondo passo è stato quello di realizzare un algoritmo di controllo PID, realizzato in codice Assembler, e determinare i parametri più appropriati al sistema, che permettessero un controllo stabile della temperatura. Successive modifiche dell'algoritmo e della circuiteria legata al microcontrollore sono state necessarie per ridurre l'errore e la precisione con la quale si voleva raggiungere il riferimento di temperatura.
Ulteriori accorgimenti sono stati realizzati per migliorare le prestazioni di velocità del sistema in fase di raffreddamento. Con gli strumenti a disposizione si è stati in grado di effettuare delle misure esplorative sulla risposta complessiva del sistema.
La fase finale del progetto, non meno laboriosa delle precedenti, è stata quella di rendere il sistema facilmente trasportabile e utilizzabile da un ipotetico utente che attraverso l'utilizzo di un personal computer collegato per mezzo di una interfaccia seriale RS232c, potesse programmare in modo adeguato il thermal cycler.
La stesura di un piccolo manuale d'istruzioni è stata realizzata per sollevare l'utente finale da ogni ragionevole dubbio sulle modalità di funzionamento possibili.