Questo paragrafo descrive il codice in linguaggio assembler del programma C3.ASM, che permette di creare i profili termici necessari alla realizzazione della PCR; il listato è riportato in appendice A. Ad ogni ciclo di reazione è necessario raggiungere e mantenere, per un certo numero di secondi, tre differenti valori di temperatura. Per ottenere una buona amplificazione dei reagenti, il ciclo base dovrebbe essere ripetuto almeno venti volte; questo parametro, insieme ai riferimenti di temperatura e alle rispettive durate, è scelto dall'utente attraverso il programma sviluppato in linguaggio C++, eseguito sul personal computer collegato al nostro thermal cycler.
Il cuore del programma è rappresentato dalla routine LOOP; in essa è contenuta la parte di codice destinata all'aquisizione del segnale proporzionale alla temperatura, alla realizzazione del controllo PID e alla trasmissione di alcuni valori importanti all'interfaccia seriale per la visualizzazione in tempo reale dello stato del sistema.
La gestione in interrupt della routine permette di regolare con precisione il tempo di campionamento, che rappresenta un fattore molto significativo nella regolazione del controllore. Il programma principale aggiorna, di volta in volta, i valori della temperatura di riferimento impostando, nel momento in cui è stata raggiunta, il tempo di mantenimento.
Questo programma è diviso nelle seguenti sezioni:
- Inizializzazioni
- Programma principale
- La routine di controllo
- La routine di ritardo